هدف این پژوهش شناسایی چالش‌های حکمرانی فضای مجازی در دانشگاه‌های ایران از دیدگاه سه گروه کلیدی ذی‌نفع مدیران، دانشجویان و متخصصان ارتباطات بود. پرسش اصلی پژوهش این بود که چالش‌های اصلی حکمرانی فضای مجازی در محیط دانشگاهی کدام‌اند و چگونه این چالش‌ها در تعامل بین دیدگاه‌های ذی‌نفعان شکل می‌گیرند؟ پژوهش با رویکرد کیفی و با استفاده از روش تحلیل تماتیک انجام شد. داده‌ها از طریق مصاحبه‌های نیمه‌ساختاریافته با ۲۱ شرکت‌کننده (۷ مدیر، ۸ دانشجو و ۶ متخصص) در سه دانشگاه دولتی از بندرعباس، میناب و قشم جمع‌آوری و با نرم‌افزار مکس کیودا22 تحلیل گردید. یافته‌ها چهار مقوله اصلی را آشکار ساخت: (۱) موانع فرهنگی-هویتی ناشی از تعارض بین هویت آکادمیک و چارچوب امنیتی، (۲) موانع ساختاری-نهادی ناشی از تشتت نهادی و عدم هماهنگی سیاست‌ها، (۳) موانع فناورانه ناشی از ضعف زیرساخت‌ها و کمبود نیروی متخصص، و (۴) موانع فردی ناشی از نگرش کنترلی مدیران و احساس ناامنی دانشجویان. نتیجه اصلی این است که حکمرانی فضای مجازی در دانشگاه‌های ایران، بیش از آن‌که فنی باشد، یک بحران هویتی ساختاری است که نیازمند بازنگری در چارچوب معنایی حکمرانی دیجیتال است